孙之獬被孤立了，这种孤立让他愤怒。愤怒之下，孙之獬向顺治皇帝上疏。顺治皇帝当时年仅七岁，他并不知道孙之獬上疏的真正原因。但孙之獬的一句“中国从陛下也”，让这位少年天子万分感动，且热血沸腾。同时，摄政王多尔衮也认为，应该颁布“剃发令”。

“剃发令”规定：凡是清军所掌握的地区，在十日之内，尽行剃发蓄辫；凡不剃者、迟疑者、上表章请求保存者，一律杀无赦。

此令一出，天下哗然，满汉民族矛盾激化。

中国的儒家思想认为“身体发肤，受之父母，不可毁伤，孝之始也”，因此，反抗清朝统治者“剃发令”的大有人在，但是大部分人还是不得不剃发蓄辫，以求保命。用一句话来概括，就是“怕死者涕泣而剃，不怕死者宁死不剃”。

当时，“剃发令”下达到各地官府后，官府的官员们便命令“剃匠”，担着剃头挑子，游行于街市之中，强行剃发。

所谓“剃匠”，都是头戴红缨帽的八旗兵，一组三人至四人。一个手拿剃头刀，其余两三个人，抱着鬼头刀。接受剃发者，用剃头刀剃发，并享受热水、手巾的待遇；抗拒剃发者，则享受砍头的待遇，被鬼头刀砍下的头颅，被“剃匠”挂在十字架形状的竖杆上。

一个王朝初建，首要的问题，是稳定人心，所谓得人心者得天下。而清朝初期“剃发令”的实施，带来的却是动乱。在顺治皇帝颁布“剃发令”之前，反抗清军的主要是明朝的残余部队；当“剃发令”颁布之后，很多老百姓也站在了清政府的对立面。

剃发与留发的对抗，实质上是两种文化传统的对抗。在这场对抗中，最惨烈的一幕，发生在江阴县（今江苏省南部）。

顺治二年（1645），“剃发令”下达到江阴。江阴的众多老百姓与乡绅，向知县方享请愿，跪请留发。方享不但不接受，反将请愿者骂走。第二天，一个叫许用的秀才聚集了一批人，在江阴的孔庙立誓：头可断，发决不可剃！

当日下午，一队乡兵手持武器冲进县衙，把知县方享抓进了监狱。然后推举典史（县衙管缉捕和监狱的官员）阎应元和陈明遇为首领，共同商议抗清守城大事。

清廷方面，获悉江阴造反，火速派大兵前往镇压。江阴百姓与官兵坚守城池81天，杀死清兵75000余。最后，终因兵力悬殊，城破。清军攻进江阴，下令“满城杀尽，然后封刀”。于是，在接下来的十天里，清军对江阴城进行了惨绝人寰的疯狂杀戮，城中百姓遇难人数多达17万余人。江阴城几乎变为了一座“鬼城”。

有一首悼念江阴死难者的诗词，这样写道：“八十日戴发效忠，表太祖十七朝人物。六万人同心死义，存大明三百里江山。”

这一段剃发与留发的对抗，在历史上被称为“江阴十日”。接下来，又发生了“嘉定三屠”。

嘉定在江阴的东南面，也展开了反剃发斗争。

顺治二年七月初一，清廷派明朝降将李成栋率兵前去镇压。嘉定百姓推举当地士绅黄涥耀和侯曾峒主持城防，在城墙悬起“嘉定恢剿义师”的大旗，城中的男女老幼，都被组织起来抵抗清军。

清军围城猛攻，在外援断绝的情况下，嘉定军民坚守了十余天。后因连日大雨，将土城墙冲破，清军趁势用大炮猛烈轰击，终于攻入城内。李成栋下令屠城，嘉定城内“浮尸满河，舟行无下篙处”，被屠杀者约3万余人。